En 2071, l’humanité a dorénavant colonisé le système solaire. La criminalité s’est répandue, faisant émerger de nombreux chasseurs de primes. Cowboy Bebop suit les aventures de Spike Spiegel et Jet Black. Les deux acolytes chassent des hors-la-loi à travers l’espace à bord de leur vaisseau spatial, le Bebop. Le duo est vite rejoint par Faye Valentine, ancienne joueuse endettée, la jeune Ed, une hackeuse, et Ein, un chien intelligent.