Cette dernière saison est composée de trois arcs, trois affaires à résoudre pour Veronica qui est désormais entrée à l’université. Pour la première affaire, Veronica doit élucider une série de viols qui se déroulent sur le campus. La seconde affaire, concerne le meurtre du doyen O’Dell. Weevil sera le principal suspect au début de l’investigation. Enfin, le dernier cas concerne plusieurs affaires qui se rapportent plus ou moins à la même instance : "The castle", une confrérie secrète au sein de Hearst dirigée par Jake Kane...

Pour cette deuxième saison, Veronica est toujours au lycée de Neptune. Cette année Veronica s’intéressera à deux affaires. La première concerne la mort d’un membre de gang de motards dont Logan est le principal suspect. La seconde s’intéresse à un mystérieux crash de bus dans une falaise. Un grand nombre de lycéens y ont laissé la vie. Veronica qui devait être à bord du bus décide d’en faire une affaire personnelle...

Veronica Mars est une jeune lycéenne habitant la sympathique ville de Neptune. Elle vit avec son père, Keith Mars, et a tendance à suivre les traces de ce dernier, ancien policier qui après des mésaventures, s’est reconverti en détective privé. Veronica suit les cours au lycée de Neptune, lycée où le clivage des classes sociales est prégnant. Jusqu’à l’année dernière, Veronica était une élève qui faisait partie de l’élite, des lycéens les plus branchés. Elle avait le petit ami le plus envié du lycée et les amis les plus appréciés. Cependant, suite au meurtre de sa meilleure amie, Lilly, tout a basculé et Veronica se retrouve au rang des personnes à éviter. Depuis, elle passe ses journées à mener des enquêtes et à faire des filatures... Son but sera à présent de découvrir où est sa mère et d’élucider le crime qui a chamboulé sa vie. Qui peut bien être le meurtrier de Lilly ?

Don Lamb est un homme de 34 ans. Il est le Shérif de Neptune et aime à contrecarrer les plans de la famille Mars.

Piz est le colocataire de Wallace à l’université de Hearst. Il est passionné par la musique. Il anime sa propre émission de radio et aime jouer de la guitare. Il rencontre Veronica au début de la saison 3.

Jackie débarque au lycée de Neptune lors de la deuxième saison. Elle est la fille de Terrence Cook, une star du baseball locale. Lors d’une enquête de Veronica, Jackie apprend à connaître Wallace et une histoire naît entre eux.

Dick est le meilleur ami de Logan. Il est le rigolo de service et est toujours présent quand il s’agit de semer la pagaille et de draguer les filles.

Duncan est le frère de Lilly et l’ancien petit ami de Veronica. Il est issu d’une famille fortunée qui a subit de nombreux déboires suite au meurtre de la fille de la famille.

Mac est une professionnelle en informatique. Elle fait la rencontre de Veronica au lycée de Neptune et une amitié se crée rapidement entre les deux jeunes filles.

Weevil est le bad boy de la bande. Avec son gang de motards, il sème la terreur au lycée et dans la ville. Le respect est une notion qui lui est chère. Il entre souvent en conflit avec Logan, tous deux représentants d’une classe de la société.